Esta es una lista de los Jefes Finales de toda la Saga Metal Gear.

Metal Gear

• Shotmaker
• Machinegun Kid
• Hind D (Remplazado por Twin Shot en la versión NES.)
• Tanque
• Bulldozer (Remplazado por otro tanque en la versión NES.)
• Fire Trooper
• Bloody Brad
• Dirty Duck
• Metal Gear TX-55 (Remplazado por Super Computer en la versión NES.)
• Big Boss

Metal Gear 2: Solid Snake

• Black Ninja
• Running Man
• Hind D
• Red Blaster
• Four Horsemen
• Jungle Evil
• Night Fright
• Dr. Drago Pettrovich Madnar
• Metal Gear D (Pilotado por Gray Fox.)
• Gray Fox
• Big Boss

Metal Gear Solid

• Revolver Ocelot
• Tanque (Controlado por Vulcan Raven y tres soldados genomas.)
• Cyborg Ninja
• Psycho Mantis
• Sniper Wolf
• Hind D (Pilotado por Liquid Snake.)
• Sniper Wolf
• Vulcan Raven
• Metal Gear REX (Controlado por Liquid Snake.)
• Liquid Snake

Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty

Con Snake:

• Olga

Con Raiden:

• Fortune
• Fatman
• AV-88 Harrier II (Pilotado por Solidus Snake, co-piloto Vamp)
• Vamp
• Vamp (Otra vez)
• Metal Gear RAY(Masivo)
• Solidus Snake

Metal Gear Solid 3: Snake Eater

• Unidad Ocelot
• Ocelot
• The Pain
• The Fear
• The End (U otra Unidad Ocelot si antes mataste a The End.)
• The Fury
• The Sorrow
• Colonel Volgin
• Shagohod
• The Boss

Metal Gear Solid: Portable Ops

• Python
• Null
• Metal Gear RAXA (Pilotado por Elisa/Ursula)
• Null (Otra vez)
• Cunningham
• Gene

Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots

• FROGS
• Laughing Octopus
• Raging Raven
• Crying Wolf
• Vamp
• Metal Gear RAY
• Screaming Mantis
• Liquid Ocelot

Snake's Revenge

Todos los jefes en este juego son innombrados a excepción de Big Boss (quién lucha en dos formas) y "Metal Gear 2" ;. Los jefes salen de la siguiente forma:

• Los cinco cyborgs
• Los tres granaderos
• El imitador de John Turner
• Tanque
• Big Boss
• Cyborg Big Boss
• Metal Gear 2

Metal Gear: Ghost Babel

• Slasher Hawk
• Marionette Owl
• Pyro Bison
• Mil Mi-28 Havoc (Pilotado por Sophie n'Dram)
• Black Arts Viper
• Metal Gear GANDER (Pilotado por Augustine Eguabon)
• Black Arts Viper

Metal Gear Acid

• Soldado con mochila en su cara
• Leone
• Teliko Friedman
• Leone
• La Clown
• Metal Gear

Metal Gear Acid 2

• Harab Serap
• Vince
• Golab
• Metal Gear KODOQUE
• Chaigidiel
• Vince
• Metal Gear Chaioth Ha Qadesh

Metal Gear Solid Mobile

• Commander